En la organización de la UAM participan tres categorías fundamentales que son los Órganos Colegiados, los Órganos Personales y Las Instancias de Apoyo.

El Consejo Divisional se encuentra dentro de los Órganos Colegiados, que a su vez se compone jerárquicamente de una Junta Directiva conformada por nueve miembros que designa, uno por año, el Colegio Académico. Sus principales competencias son: nombrar al Rector General y a los Rectores de Unidad, y en su caso, remover y aceptar su renuncia; designar a los miembros del Patronato; conocer y resolver los conflictos entre los demás órganos de la Universidad, y ejercer el derecho de iniciativa ante el Colegio Académico en las materias de la competencia del mismo.

El Colegio Académico es formado 34 miembros de la comunidad universitaria: el Rector General, los Rectores de Unidad, los Directores de División, tres representantes del personal académico y tres de los alumnos elegidos por cada uno de los consejos académicos, así como un representante de los trabajadores administrativos por Unidad.

Las competencias del Colegio Académico son: expedir normas y disposiciones reglamentarias de aplicación general; establecer las Unidades, Divisiones, Departamentos; autorizar los planes de organización y las modalidades académicas de la Universidad; designar al auditor externo y a los miembros de la Junta Directiva; autorizar el presupuesto anual de ingresos y egresos; aprobar los estados financieros de la Institución; y aprobar los planes y programas académicos.

El Patronato tiene como principales competencias obtener los ingresos necesarios para el financiamiento de la Universidad; autorizar la adquisición de bienes; administrar y acrecentar el patrimonio de la Universidad; formular el proyecto de presupuesto anual de ingresos y egresos; presentar al Colegio Académico los estados financieros; y designar a sus instancias de apoyo: Tesorero General y Contralor.

Antes que el consejo Divisional se ubica el Consejo Académico, mismo que es constituido por el Rector de Unidad, los Directores de División, los Jefes de Departamento, un representante del personal académico y otro de los alumnos por cada Departamento, y dos representantes de los trabajadores administrativos de la Unidad. Sus principales competencias son: emitir instructivos respecto al funcionamiento interno y operativo de los servicios e instalaciones; presentar proyectos de normas y disposiciones reglamentarias de aplicación general ante el Colegio Académico; dictaminar y armonizar los proyectos de planes y programas académicos propuestos por los Consejos Divisionales; establecer las particularidades de la organización académica de la Unidad; y designar a los Directores de División de las ternas que propongan los respectivos Rectores, con base en una previa auscultación de la comunidad universitaria de la Unidad.

Finalmente se encuentran los Consejos Divisionales, que como ya se mencionó en el recuadro negro, están integrados por el Director de División, los Jefes de Departamento y un representante del personal académico y otro de los alumnos por cada Departamento.